（2）学校是否有合理的经费到账通知凭证，在科研管理机构、财务机构、项目所在单位及项目负责人之间流转，确认、证明和记录已进账的科研经费；流转程序是否合理，流转凭证是否统一编号；
（3）科研经费不按规定及时到账的，科研管理机构是否积极组织项目负责人进行协调；需要学校配套资金的项目，学校是否按规定拨付配套资金；
（4）财务机构能否提供各项目经费具体收支情况的查询服务，能否定期向科研管理机构、项目所在单位提供科研项目经费收支情况的报告；
（5）科研经费支出是否经项目负责人和所在单位授权的人员签字批准；重大、特殊科研经费支出或向外单位转出科研经费是否按规定经项目所在单位、科研管理机构和财务机构授权的人员签字批准；向外单位转出科研经费是否有合理理由，并有合同等有效财务凭据；
（6）学校是否建立和完善全额成本核算制度，并制定了科研经费管理办法，对从各类科研经费中提取管理费、条件占用费，支出固定资产购置费、人员费等进行具体规定，执行情况如何；学校从科研经费中提取管理费、条件占用费的办法是否符合国家的规定；
（7）科研经费是否按照法规、制度或合同规定使用，纵向科研经费未用于罚款、捐款、赞助、投资、福利等国家规定禁止列支的支出；
（8）用科研经费购置的固定资产是否纳入学校资产进行管理，或按合同规定处理；按合同规定处理的，是否取得合同对方的确认，无损害学校利益的行为；
（9）学校是否设置控制措施，保证科研经费不超预算；
（10）学校是否经常委托社会审计或内部审计对各类科研经费进行专门审计；
（11）学校是否有科研经费结账管理办法，明确项目结账时间和剩余经费的用途，执行情况如何；
（12）所有结题项目的经费决算报表是否都经学校财务机构的审核并签章，按规定需内部审计机构审签的，是否都经内部审计机构审签；
（13）科研项目结题后，是否有书面文件通知财务机构办理结账手续；学校财务是否按规定及时办理结账手续。
（四）科研管理的信息与沟通
1.重大决策是否形成会议记录，会议记录是否完整；
2.各项制度及签订的各项协议是否装订成册，是否根据情况变化及时进行修订；
3.是否有科研管理信息系统，科研管理信息系统与财务信息系统是否完善，是否安全可靠，两个信息系统是否进行数据共享；
4.各项信息录入流程是否清晰，修改是否得到授权，对有关信息的接触是否制订了限制规定；
5、科研管理信息系统与财务信息系统是否定期形成一定的报表，报表内容的设计是否合理，是否将上述报表报送相关人员；
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